Tutkimuksen huippuyksikköohjelma on Suomen Akatemian keskeinen rahoitusmuoto, jolla Akatemia edistää luovien tutkimusympäristöjen syntymistä ja kehittymistä. Huippuyksiköt edustavat alansa kansainvälistä kärkeä. Huippuyksikköohjelmia rahoitetaan yhdessä Tekesin kanssa kansallisen tutkimuksen huippuyksikköstrategian mukaisesti. Myös yksiköiden isäntäorganisaatioiden rahoitus ja muu tuki on merkittävä.

Suomalaisen huippuyksikköstrategian mukaan "huippuyksikkö on yhdestä tai useasta korkea-tasoisesta tutkimusryhmästä muodostuva tutkimus- ja tutkijankoulutusyksikkö". Sillä on oltava selkeät yhteiset tutkimukselliset päämäärät sekä yhteinen johto.

Huippuyksikkö voi olla yliopistossa, tutkimuslaitoksessa tai yhteistyössä yliopiston tai tutkimuslaitoksen kanssa yksityisellä sektorilla toimiva yksikkö tai useissa eri organisaatioissa toimivien yksiköiden kokonaisuus. Tällä hetkellä kahdessa kansallisessa tutkimuksen huippuyksikköohjelmassa rahoitetaan kaikkiaan 39 huippuyksikköä.

Ensimmäisessä huippuyksikköohjelmassa 2000-2005 rahoitettavien 26 huippuyksikön ja seitsemän tukitoiminto-organisaation kokonaisrahoitus vuosina 2000-2005 oli 55,3 miljoonaa euroa. Tekes myönsi yksiköille kaikkiaan 10,8 miljoonaa euroa.

Vuoden 2002-2007 ohjelman 16 yksikköä Akatemia rahoittaa vuosina 2005-2007 17,1 miljoonalla eurolla. Ohjelman kokonaisrahoitus vuosina 2002-2007 on 33,1 miljoonaa euroa. Tekes rahoittaa näitä yksiköitä 5,3 miljoonalla eurolla.

Kansallisessa tutkimuksen huippuyksikköohjelmassa 2006-2011 on 23 huippuyksikköä ja vuosille 2008-2013 on valittu 18 huippuyksikköä. Seuraava huippuyksikköhaku järjestettäneen vuonna 2010.

Huippuyksiköt 1995–1999

Huippuyksiköt ovat vuodesta 1995 alkaen olleet opetusministeriön yliopistobudjettiin sisällyttämän tuloksellisuusrahan jakokriteereitä. Opetusministeriö nimesi ensimmäiset 12 huippuyksikköä vuosiksi 1995–1999 ja vielä viisi yksikköä vuosiksi 1997–1999.