Suomen Akatemia uudistaa tutkimuksen huippuyksiköillä tieteellistä tutkimusta ja osaamista. Huippuyksikkö on tarkoitettu tutkimusryhmille ja tutkimusryhmien yhteenliittymille erittäin korkealaatuisen tieteellisen tutkimuksen tekemiseen. Huippuyksikkö on luova ja tavoitteellinen tutkimusympäristö, jossa yhdistyvät kansainvälinen huippututkimus sekä korkeatasoisen tutkijauran edistäminen ja tukeminen kaikissa tutkijanuran vaiheissa.

Huippuyksiköille on useita arviointikriteereitä ja valintaperusteita. Tärkein niistä on tutkimuksen korkea kansainvälinen taso. Huippuyksikkö voi koostua yhdestä tai useasta kiinteässä yhteistyössä keskenään toimivasta korkeatasoisesta tutkimusryhmästä, jotka toimivat yliopistossa, tutkimuslaitoksessa tai useassa eri organisaatiossa, mahdollisesti myös yhteistyössä yritysten kanssa. Huippuyksikkö voi olla aihealueesta riippuen tärkeä osa strategisen huippuosaamisen keskittymiä (SHOK).

Kansallisessa tutkimuksen huippuyksikköohjelmassa 2006-2011 on 23 huippuyksikköä ja vuosille 2008-2013 on valittu 18 huippuyksikköä.

Suomen Akatemian lisäksi huippuyksiköiden sopimuspohjaiseen rahoitukseen osallistuvat yliopistot ja tutkimuslaitokset, muut rahoittajat, säätiöt ja yritykset. Huippuyksiköiden tavoitteet on täsmennetty huippuyksikköstrategiassa, jota tarpeen tullen tarkennetaan.

Huippuyksiköt ovat vuodesta 1995 alkaen olleet opetusministeriön yliopistobudjettiin sisällyttämän tuloksellisuusrahan jakokriteereitä. Opetusministeriö nimesi ensimmäiset 12 huippuyksikköä vuosiksi 1995–1999 ja vielä viisi yksikköä vuosiksi 1997–1999.