Den offentliga sektorns forskningsinstitut inom olika sektorer och förvaltningsområden spelar vid sidan av högskolesektorns forskningsenheter en betydande roll i innovationssystemet, när det gäller att utveckla ett samhälle baserat på vetenskaplig kunskap.

Av forskningsinstitutens finansiering är i genomsnitt 52% förvaltningsområdenas egen budgetfinansiering. Den externa finansieringens andel är baserad på institutens resultatmål och är en uppskattning. Om man ser till volymen av forskningsfinansieringen är de största forskningsinstituten Statens tekniska forskningscentral inom arbets- och näringsministeriets förvaltningsområde, Skogsforskningsinstitutet och Forskningscentralen för jordbruk och livsmedel inom jord- och skogsbruksministeriets förvaltningsområde, och Institutet för hälsa och välfärd inom social- och hälsovårdsministeriets förvaltningsområde.