Vuonna 1939 annettiin laki Suomen Akatemiasta, jossa olisi vähintään kuusi akateemikkoa. Sodan vuoksi laki ei tullut koskaan voimaan. Uusi laki Suomen Akatemiasta ja valtion apurahoista korkeimman hengenviljelyn edistämiseksi annettiin vuonna 1947. Huhtikuussa 1948 toimintansa aloittaneen ns. vanhan Suomen Akatemian tehtäväksi tuli edistää tieteen ja taiteen kehitystä. Tehtävää hoitivat virkaan nimitetyt akateemikot: kahdeksan tiedemiestä ja neljä taiteilijaa. Laissa määrättiin myös apurahajärjestelmästä, jonka mukaan yliopistot myönsivät apurahoja tutkijoille. Taiteilijoille oli omat apurahansa.

Laki ei antanut Akatemialle tiedepoliittisia tehtäviä. Akatemia teki kuitenkin useita aloitteita, jotka johtivat muun muassa valtion atomienergiatoimikunnan ja tieteellisten toimikuntien perustamiseen. Vanhan tieteellisen keskuslautakunnan tilalle perustettiin vuonna 1950 valtion tieteellisten toimikuntien järjestelmä, luonnontieteellinen ja humanistinen toimikunta sekä näiden yhteiselin, tieteellinen keskustoimikunta. Toimikuntien tehtävänä oli toimia opetusministeriön asiantuntijaelimenä tieteellistä toimintaa varten, mutta ne saattoivat myös itse omien määrärahojensa turvin tukea korkeatasoista tutkimustyötä.

Ensimmäisenä vuotena Akatemia kykeni tukemaan tiedettä nykyrahassa noin 200 000 eurolla. Akatemian alkuvuosina myös kansakunnan aineelliset voimavarat olivat nykyistä niukemmat, tieteen merkitys oli toinen ja tutkijoita oli vähän. Vuonna 2007 Akatemia rahoitti korkeatasoista tutkimusta 264 miljoonalla eurolla.

Yksi keskeinen muutosvaikuttaja oli presidentti Urho Kekkonen, jonka tuella asetettu tieteellisen tutkimuksen organisaatiokomitea loi mietinnöillään pohjan suunnitelmalliselle tiedepolitiikalle Suomessa. Komitea uudisti vuonna 1961 tieteellisten toimikuntien organisaation ja perusti niihin tutkijan virkoja.

Vanha Suomen Akatemia lakkautettiin vuonna 1969 ja eduskunta hyväksyi lain tieteellisen tutkimuksen järjestelyistä. Vanhan Akatemian nimi annettiin tieteellisten toimikuntien varaan perustetulle uudelle organisaatiolle. Uusi Suomen Akatemia aloitti toimintansa vuonna 1970, ja sen tehtävä oli korkeatasoisen tutkimuksen rahoittamisen lisäksi kansallisen tutkimusrahoituksen ohjaaminen ja tiedepoliittinen linjanveto. Akatemia koostui tieteen keskustoimikunnasta, kuudesta valtion tieteellisestä toimikunnasta sekä hallinto- ja taloustoimistosta. Akateemikosta tuli arvonimi ja akateemikon virkojen tilalle perustettiin määräaikaisia tutkijaprofessorin virkoja. Tutkimusmäärärahoja ja tutkimusvirkoja lisättiin. Vuonna 1983 perustettiin seitsemäs toimikunta.

Vuonna 1994 Suomen Akatemian toimintaa ja muotoa muutettiin lailla ja asetuksella. Tieteen keskustoimikunnan tilalle perustettiin Suomen Akatemian hallitus, jota johtaa tasavallan presidentin nimittämä pääjohtaja. Toimikuntien määrä supistettiin neljään. Vuoden 1995 alusta alkaen Akatemia on muodostunut neljästä tieteellisestä toimikunnasta, hallituksesta ja hallintovirastosta.

J. K. Paasikiven sanoin

Suomen Akatemian 60-juhlavuoden päätapahtuma on 28. marraskuuta Helsingin yliopiston juhlasalissa.

Akatemian vihkiäistilaisuudesssa 29. marraskuuta 1948 tasavallan presidentti lausui sanat, jotka hyvin kuvaavat Suomen Akatemian nykyisiäkin haasteita: ”Niillä tieteen ja taiteen aloilla, joilta Akatemian jäsenet on valittu, on sekä kotimaahan että ulospäin voitu osoittaa korkeita saavutuksia. Akatemian odotetaan pitävän huolen siitä, että nämä saavutukset kasvavat ja että Suomen kansa saa havaita Akatemiansa tuotavan siunausta sekä kotoisilla työvainioilla että maan rajojen ulkopuolella ihmiskunnan hyväksi ja Suomen nimen kunniaksi.”